微波萃取儀的基本原理是微波直接作用于被分離物，即微波直接作用于樣品基體內。如果這作用于分子，就會促進分子的旋轉運動。分子此時只要具有一定的極性，通過微波瞬間*化，頻率2450MHz，分子以24.5億次/秒的速度進行極性轉換運動，發生鍵的振動、斷裂和粒子之間的摩擦、碰撞，分子活性部分(極性部分)的接觸和反應變得更好。由于產生大量熱能的物質不同，介電常數也不同，吸收微波的能量程度也不同，產生的熱能和傳遞到周圍環境的熱能也不同。對于微波場，基質物質的區域或萃取系統的成分根據吸收微波的能力而被選擇性地加熱，可以從基質或系統中分離萃取物。
微波萃取儀的使用注意事項：
1、操作前確認罐體外壁無水珠，以免加熱過程中吸收微波能量。
2、內罐使用前可用5%硝酸或洗潔精溶液浸泡以保持潔凈。
3、罐體可在水中進行冷卻，注意水位線不要越過外罐高度，否則可能污染樣品。
4、矩扳手擰緊罐體時，只需聽見*聲響聲即表示罐體已擰緊，忌重復擰緊。
5、實驗完畢開罐時應在通風櫥中完成，由于罐中有溶劑，開罐時應小心緩慢 。 
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